Seedorf dilahirkan di Paramaribo, Suriname[4] dan berpindah ke Almere, Flevoland, Belanda sewaktu berumur dua tahun. Beliau dibesarkan dalam keluarga bola sepak. Kedua-dua adiknya, Jürgen dan Chedric Seedorf serta bapanya merupakan bekas pemain bola sepak. Clarence memulakan kariernya seawal umur enam tahun di kelab amatur VV AS '80 dan Real Almere sebelum ditemui dan direkrut ke kelab gergasi Belanda, Ajax oleh Urgent Scoutingteam, seorang ejen yang ditetapkan oleh Johan Cruyff, dan bertanggungjawab melatih pemain-pemain muda antaranya Frank dan Ronald de Boer, Edgar Davids, Robert Witschge dan Patrick Kluivert. Mengikut jejak langkah abang mereka, di bawah bimbingan bapa dan bakat ejen mereka, adik-beradik Seedorf, serta sepupunya Stefano kemudiannya menyertai Ajax.